Τα χελωνονιντζάκια Leonardo, Donatello, Raphael και Μichelangelo είναι τέσσερα αδέλφια στην εφηβεία που αρχίζουν να εξερευνούν τη ζωή. Προπονούνται από ένα ανθρωπόμορφο αρουραίο, το Δάσκαλο Σπλίντερ, στην ιαπωνική πολεμική τέχνη Νινζούτσου. Από το σπίτι τους, στους υπόνομους της Νέας Υόρκης, πολεμάνε ασήμαντους εγκληματίες, δαιμονικούς μεγαλομανείς και εξωγήινους εισβολείς, παραμένοντας απομονωμένοι από την υπόλοιπη κοινωνία.