- Αφιέρωμα στον Μίκη Θεοδωράκη - Με την ορχήστρα των χρωμάτων (2009)
- Μύθοι γυναικών (2008)
- Mosaic (2004)
- Η ποίηση στο ελληνικό τραγούδι (2003)
- Μπλε (2003)
- Οι μεγαλύτερες επιτυχίες της (2002)
- Του φεγγαριού τα πάθη - Federico Garcia Lorca (2002)
- Ένας αιώνας ελληνικό τραγούδι (2001)
- Mauthausen Trilogy (2000)
- Nostalgia (2000)
- Η τρίτη πόρτα (2000)
- Ήλιος και χρόνος (Sun and time) (1999)
- Symphonietta - État de Siège (1999)
- Σερενάτες (1998)
- Άσματα (1998)
- Αρκαδίες I,VII,VIII (Ηχογραφήσεις από τα χρόνια της εξορίας) (1997)
- Poetica (1996)
- The birthday concert '95 (1995)
- Η Μαρία Φαραντούρη τραγουδά Lucio Dalla (1995)
- Η Βεατρίκη στην οδό μηδέν (1994)
- The very best of Maria Farandouri (1990)
- 17 τραγούδια (1990)
- Σκοτεινή μητέρα (1986)
- Η Μαρία Φαραντούρη στο Olympia (1985)
- Η Φαραντούρη τραγουδάει Λιβανελί (1982)
- Ο επιβάτης (1981)
- Η εποχή της Μελισσάνθης (1980)
- Η αγάπη είναι ο φόβος... (1980)
- Lieder aus Griechenland (1980)
- Maria Farantouri Live (1979)
- Οι γειτονιές του κόσμου (1979)
- Η Μαρία Φαραντούρη τραγουδάει Μπρεχτ (1979)
- Τραγούδια διαμαρτυρίας από όλο τον κόσμο (1977)
- Τα Παράλογα (1976)
- Η μεγάλη αγρύπνια (1975)
- Canto General (1975)
- Τα Νέγρικα (1975)
- Ο ήλιος και ο χρόνος - Κύκλος ποιημάτων του Μίκη Θεοδωράκη (1975)
- Η Ελλάδα του Μίκη Θεοδωράκη (1974)
- Αρκαδία 6 - 8 (1974)
- 18 λιανοτράγουδα της πικρής πατρίδας (1973)
- Τα τραγούδια του Αγώνα (1971)
- Songs and guitar pieces by Theodorakis (1971)
- Θεοδωράκης διευθύνει Θεοδωράκη Vo2 (1971)
- Κατάσταση πολιορκίας (1970)
- Πνευματικό εμβατήριο - Οιδίπους τύραννος (1970)
- Ένας όμηρος (1967)
- The ballad of Mauthausen / Six songs (1966)
- Η Μαρία Φαραντούρη τραγουδά Μίκη Θεοδωράκη (1965)
- Ζωντανές εκτελέσεις
- Lili Marlene
- Αγάπη μου (Φαίδρα)
- Αγάπη που ΄γινες δίκοπο μαχαίρι
- Άμα τελειώσει ο πόλεμος
- Άντρα μου, ταίρι της αγάπης μου
- Απόσπασμα απ' το θεατρικό έργο Κατακόκκινος Ουρανός
- Απόσπασμα από την Αντιγόνη του Σοφοκλή
- Αποσπάσματα απ' τη Σονάτα του Σεληνόφωτος
- Άσμα ασμάτων
- Γλυκέ μου εσύ δεν χάθηκες
- Γογγύλα της Σαπφούς
- Δημοτικό της ξενιτιάς
- Έκτωρ και Ανδρομάχη
- Ελένη
- Επιτάφιος
- Έχετε γεια
- Η εποχή της Μελισσάνθης
- Η Μαριάνθη των ανέμων
- Η μνήμη του νερού
- Η Πλατυτέρα των ουρανών
- Η προσευχή της παρθένου
- Η ψυχρή αλήθεια
- Ηλέκτρα του Ευρυπίδη
- Ηλέκτρα του Σοφοκλή
- Ημερολόγιο: Φυλακισμένες γυναίκες, μεταγωγή κρατουμένων γυναικών
- Κάποια μάνα αναστενάζει
- Κέλομαί σε Γογγύλα
- Κομμός 4
- Λόγια για τη Μελίνα
- Μάνα, κουράγιο
- Μέρα Μαγιού
- Μητέρα κι αδερφή
- Νανούρισμα
- Ο εφιάλτης της Περσεφόνης
- Ο ήλιος κοίταξε τη γη
- Ο μύθος
- Ο φοίνικας - Τραγούδι της μεταγωγής
- Ομήρου Οδύσσεια
- Παραδοσιακό Θράκης
- Παραδοσιακό νανούρισμα της Καππαδοκίας
- Παραδοσιακό τραγούδι της Σμύρνης
- Παραδοσιακό τραγούδι του γάμου από τη Σκύρο
- Περσεφόνη
- Ρόζα
- Ρόζα Λούξεμπουργκ
- Σκοτεινή μητέρα
- Στην Καλυψώ
- Στο παραθύρι στεκόσουν
- Χαλάλι
- Ω γλυκύ μου Έαρ!
- Ωραία Ελένη